Essa fu edificata sulle rovine dell'antico municipio romano chiamato Cereatae, perché dedicato alla dea Cerere. Il nome Casamari deriva dalla lingua latina e significa "Casa di Mario", patria di Gaio Mario, celebre condottiero, sette volte console e avversario di Silla nella guerra civile dell'88 a.C., ricordato anche nel nome della strada lungo la quale sorge l'abbazia (che collega Frosinone con Sora): via Mària.

 

Con la decadenza dell'Impero romano e le susseguenti invasioni barbariche Cereatae-Casa Marii subì le stesse sorti del decadimento di Roma, fino a quando i monaci benedettini nell'XI secolo s'insediarono nel luogo e vi fondarono l'abbazia.

 

La Cronaca del Cartario o Chartarium Casamariense redatto dal monaco casamariense Gian Giacomo de Uvis per conto dell'abate affidatario riporta le notizie riguardanti la fondazione dell'abbazia stessa. Secondo il resoconto, nel 1005 alcuni monaci della vicina Veroli decisero di riunirsi in un monastero e scelsero Cereatae-Casa Marii edificando sui resti di un tempio di Marte. Alcuni di essi (Benedetto, Giovanni, Orso e Azo) si recarono nel monastero di Sora per richiederne il saio monacale.

 

Secondo alcuni storici è datata al 1005 l'erezione di una chiesa dedicata a san Giovanni e san Paolo, mentre la costruzione del monastero si fa risalire al 1036. Tra il 1140 e il 1152 i monaci cistercensi sostituirono i monaci benedettini. Fra il XII e il XIX secolo il monastero ebbe alterne fortune: dapprima acquistò possedimenti nella zona (tra cui la chiesa di Sant'Angelo de Meruleta a Castro dei Volsci) ed avviò la fondazione di nuovi monasteri anche nel Meridione, seguì all'inizio del XV secolo un periodo di decadimento, comune a tutti i monasteri della regione.

 

Nel 1623 i monaci si ridussero addirittura a soli otto. L'abbazia conobbe un piccolo periodo di prosperità dopo il 1717, quando papa Clemente XI l'affidò ai monaci cistercensi riformati, detti trappisti. Nel maggio del 1799 alcuni soldati francesi depredarono l'abbazia, uccidendo Simeone Cardon e altri cinque compagni, il cui martirio è stato riconosciuto il 27 maggio 2020. Dal 1811 al 1814 seguì il regime laico imposto da Napoleone.

 

Nel 1874 l'abbazia fu dichiarata monumento nazionale e riacquistò così una posizione di prestigio e una maggiore stabilità economica. Nel 1929 la congregazione di Casamari fu eletta canonicamente congregazione monastica e fu aggregata alle altre dell'ordine dei Cistercensi.

 

Tra il 1100 e il 1800 l'abbazia di Casamari è stata gemellata con un'altra potente abbazia cistercense d'Abruzzo, quella di Civitella Casanova, fino alla distruzione di quest'ultima, della quale oggi è possibile ammirare solo alcuni ruderi e una massiccia torre diroccata. In seguito al declino, l'abbazia è rimasta gemellata con la parrocchia stessa di Civitella Casanova, infatti si sono sempre mantenuti saldi i rapporti fra i frati e il parroco.

 

La pianta dell'abbazia è simile a quella dei monasteri francesi, l'entrata passa attraverso una porta a doppio arco. All'interno si trova un giardino la cui parte centrale è occupata dal chiostro, di forma quadrangolare, con quattro gallerie a copertura semicilindrica.

 

L'aula capitolare è un ambiente formato da nove campate e da quattro pilastri ed è usata per le riunioni. Dal chiostro si accede alla chiesa che è a pianta basilicale a tre navate. La facciata presenta all'esterno un grande portico, dietro l'altare si trova il coro costruito nel 1940; l'organo a canne (Mascioni opus 542) è coevo. Le finestre della chiesa presentano delle lastre di alabastro al posto dei vetri.

 

L'abbazia di Casamari è divenuta nel tempo sede di varie attività che vedono impegnati i monaci oltre che nella preghiera, anche nell'insegnamento presso l'Istituto San Bernardo, fondato nel 1898 internamente all'abbazia; inoltre gestiscono la farmacia, la liquoreria, il restauro dei libri, la biblioteca e il museo archeologico.

 

La farmacia interna è composta di un erbarium botanicum o hortus botanicus e di un armarium pigmentariorum la cui data di fondazione è incerta, ma si ipotizza il 1760. La liquoreria interna è stata ideata fra il Settecento e l'Ottocento; un tempo i monaci fabbricavano anche le bottiglie. La tipografia interna è stata inaugurata nel 1954 e stampa anche testi scolastici.

 

Il museo e la pinacoteca sono situati nella parte opposta alla chiesa partendo dal chiostro. Le sale duecentesche ospitano vari reperti tra cui spicca il resto di una zanna di elephas o Mammuthus meridionalis (sorta di elefante o mammuth nano presente nella nostra penisola in epoca glaciale), oltre ad alcuni reperti di epoca romana.